Genetic Analisys of Cytochrome Oxidase Sub Unit 1 Gene Fragment from Cirrhilabrus cf. ryukyuensis (Labridae) from Cenderawasih Bay and Raja Ampat

Abstract

Cirrhilabrus cf. ryukyuensis asal Teluk Cenderawasih dan Raja Ampat secara morfologi memiliki perbedaan warna dengan Cirrhilabrus ryukyuensis. Penelitian ini bertujuan menentukan hubungan filogenetik, evolusi, dan keragaman genetik Cirrhilabrus cf. ryukyuensis berdasarkan gen Sitokrom Oksidase sub Unit I (COI). Genom DNA mitokondria diekstrak menggunakan larutan chelex 10%. Primer FISH-BCH dan BCL digunakan untuk mengamplifikasi fragmen Gen COI dan sekuensing. Analisis data dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Sequencher 4.1 dan MEGA 5. Gen COI dari enam sampel C. cf. rykyuensis asal Teluk Cenderawasih dan Raja Ampat, memiliki panjang basa mencapai 613 bp. Komposisi rata-rata nukleotida T 32,8%, C 26,3%, A 23,2% dan G 17,7%. Terdapat enam posisi polimorfisme yang kesemuanya disebabkan oleh mutasi transition. Hasil penerjemahan nukleotida, diperoleh asam amino dengan panjang 204 asam amino dengan urutan yang sama. Pohon filogenetik menunjukkan keenam sampel berada dalam satu clade yang sama dan berbeda dari clade Cirrhilabrus cyanopleura data Gene Bank.