Abstract:
Kawasan Teluk Cenderawasih merupakan perairan yang menjadi habitat hiu paus (Rhincodon typus) yang muncul hampir sepanjang tahun. Kemunculan hiu paus ini dipicu oleh berbagai faktor, diantaranya adalah faktor makanan. Ikan teri menjadi salah satu daya tarik tersendiri bagi kemunculan hiu paus, sehingga perlu dilakukan pengkajian secara genetik, biologi dan ekologinya. Ikan teri memiliki ukuran yang kecil, sehingga sulit dilakukan identifikasi secara morfologi. Tujuan penelitian ini yaitu mengidentifikasi secara genetik sampel ikan teri yang diperoleh dari Teluk Cenderawasih dan membandingkan sekuensnya dengan database GenBank. Fragmen gen COI diamplifikasi dengan metode PCR, menggunakan primer jg-LCO dan jg-HCO. Sekuensing dilakukan dari dua arah yaitu forward dan reverse dengan metode dideoksi terminasi sanger. Hasil sekuens DNA yang diperoleh memiliki panjang 669 pasang basa yang menyandi 223 asam amino. Hasil pembandingan homologi dengan database NCBI dan BOLDsystem menunjukkan sampel ini memiliki kemiripan dengan sekuens COI dari Spratelloides gracilis dengan kemiripan mencapai 99%. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa sampel ikan teri dari Teluk Cenderawasih berada dalam satu clade dengan S. gracilis dari Jepang dan terpisah clade dengan S. gracilis dari Laut Merah dengan jarak antar clade0.104. Hasil ini serupa dengan hasil identifikasi secara homologi pada database NCBI dan BOLD system.
