Variasi haplotipe pada populasi alami udang galah (Macrobracium rosenbergii) asal Papua

Abstract

Papua dikenal kaya akan biodiversitas dan kehidupan liar yang masih terjaga. Hal ini memungkinkan dijumpainya variasi haplotipe yang unik dan berbeda antar lokasi. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui variasi haplotipe udang galah (M. rosenbergii) dari beberapa populasi alami di Papua. Sampel dikoleksi dari empat lokasi, yaitu Sungai Andai (Manokwari), Danau Sentani (Jayapura), Kali Maro (Merauke), dan Sungai Minyak (Bintuni). Penentuaan keragaman haplotipe menggunakan penanda DNA mitokondria COI. Variasi haplotipe dianalisis dengan Sofware DnaSP 5.10. Selanjutnya dibuat jejaringnya (Network) dengan Sofware Network 4.6.1.1. Pohon filogeni dikonstruksi dengan metode Neighbor Joining (NJ) dengan Sofware MEGA 5.05 (replikasi 1000 kali). Hasilnya terdapat 11 variasi haplotipe udang galah yang dijumpai. Sebanyak 9 haplotipe (90,90%) bersifat terbatas (singletons) yang ditemukan di satu lokasi, dan sisanya 2 haplotipe ditemukan didua populasi. Keragaman nukleotida (Pi) berkisar antara 0,1-11% (rata-rata 3,3%). Semua populasi menunjukkan keragaman haplotipe (Hd) cukup tinggi (rata-rata 63%). Keragaman haplotipe tertinggi dari populasi Merauke (80%) dan terendah dari populasi Jayapura (52%). Populasi dari Merauke menunjukkan hubungan genetik yang terpisah dengan populasi lain. Populasi ini selanjutnya dapat didomestikasi untuk menjadi sumber indukan.